無論是新魚缸還是使用過的魚缸，都需要進行清洗，那么怎樣清洗魚缸呢?
首先介紹的是新魚缸的清洗。
新魚缸使用前，必須徹底清洗，可用1-2個以前未接觸過清潔劑或其他化學藥品的桶;清洗玻璃內外壁時用熱水和抹布或海綿，加上一些白醋(或食醋)徹底擦抹玻璃。再裝滿水觀察 2-3小時，如無滲漏，即可使用。
其次，清洗缸壁。
魚缸用了一段時間都會在玻璃壁上產生污垢甚至苔蘚，可以用磁刮器將魚缸玻璃上的苔蘚和圬垢方便地刮干凈。磁刮器是分別由兩塊一對組成，一塊是兩片刀片和另一半刷片組成、通過磁性相吸的一對，一手將帶刀片的一塊放入水內貼住缸壁，另一手將帶刷的一片在缸外，使兩片相互吸牢，然后將外面一片在有綠苔和圬垢的地方來回移動，里面一片就跟著移動，通過移動的刀子將缸壁上的苔蘚和污垢清理干凈，速度快省力，清理沏底，絕對不會刮毛玻璃，我的一把已經用了十幾年，現在磁刮器在用，缸也還在用。
最好清洗過濾系統
好一些的過濾機都有幾層：
第一層過濾棉
第二層 生化棉
第三層 玻璃環(陶瓷環、生物石等)
第四層 活性炭(吸氨石、麥飯石等)
因過濾桶密封性及安裝相對復雜，且為了保護硝化細菌系統，不宜經常清洗，因此，選擇的過濾材料要價格貴些比較高極的材料。
第一層是屬于物理過濾，主要是將水中的固體殘渣阻擋住，所以特別容易臟，清洗也是以這一層為主，其他幾層通常很少清洗，常洗反而容易失去硝化菌。
清洗是利用給魚缸換水之機，取出濾棉，在抽出的魚缸水中反復漂洗，也可利用抽水管對濾棉反沖(當然沖力十分有限)洗。清洗時，一是要注意切不可搓洗，也不必要求洗得過分干凈，更不可直接用自來水洗，否則附著在濾棉上的硝化細菌會被您徹底消滅，以至失去生物過濾的作用。
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